Jak przestrzegają ekolodzy, biopaliwa tradycyjne, czyli pierwszej generacji, zabierają miejsce uprawom spożywczym i windują w górę ceny żywności. W niektórych krajach, by pozyskać grunty na uprawy roślin energetycznych, karczuje się lasy, co przyczynia się w rezultacie do podniesienia emisji CO2, a nie ich obniżenia oraz do zaniku bioróżnorodności.
Obowiązujące obecnie przepisy unijne wymagają od państw członkowskich co najmniej 10 proc. udziału paliw pochodzących ze źródeł odnawialnych w transporcie. KE zaproponowała w nowelizacji, by o połowę zmniejszyć udział biopaliw konwencjonalnych z upraw rolnych w osiąganiu tego celu, ze względu na emisje CO2, a wykorzystać biopaliwa wyższych generacji, np. produkowane z odpadów rolnych czy alg.
Przegłosowane przez europosłów przepisy wprowadzają tzw. wskaźniki pośredniej zmiany użytkowania gruntu (ang. ILUC). Czynnik ILUC określa poziom emisji gazów cieplarnianych związanych ze zmianą użytkowania gruntów. Pola, na których uprawia się rośliny przeznaczone na cele spożywcze, zamieniane są na produkcję roślin energetycznych, a inne tereny np. lasy, zamieniane są na nowe obszary uprawne. ILUC ma zatem określać szkodliwość środowiskową poszczególnych biopaliw.
Nowe unijne przepisy mają zatem nie tylko ograniczyć emisje na skutek zmiany użytkowania gruntów w związku z produkcją biopaliw, ale również otworzyć rynek dla zaawansowanych biopaliw o niskim ryzyku ILUC.
W czerwcu 2014 roku rządy państw UE uzgodniły swoje stanowisko w sprawie propozycji KE, opowiadając się za wyznaczeniem limitu tradycyjnych biopaliw w transporcie na poziomie 7 proc. Osiem państw, w tym Polska, podkreślało we wspólnie wydanym wówczas oświadczeniu, że 7-procentowy limit to najniższy poziom, jaki mogą zaakceptować m.in. ze względu na przeprowadzone już inwestycje. Kraje te deklarowały, że będą dalej popierać dyrektywę pod warunkiem, że w sprawie limitu nie będzie modyfikacji.
Przegłosowana przez europosłów z komisji środowiska zmiana sprawia, że wynik dalszych negocjacji państw członkowskich z Parlamentem Europejskim staje się bardzo problematyczny.
"Aby zapewnić stabilność produkcji biopaliw Polska zgodziła się na ograniczenie ich udziału w paliwach do maksymalnie 7 proc. Jeżeli byłby to wskaźnik niższy, to niektóre instalacje, które dopiero co zostały zbudowane ze środków inwestorów, kredytów, czy środków europejskich, trzeba by po prostu zamknąć" - powiedział dziennikarzom europoseł Andrzej Grzyb z PSL, który jest członkiem komisji PE ds. środowiska. Dodał, że przesadzony jest też argument, jakoby produkcja biopaliw pierwszej generacji oznaczała głód w innych częściach świata.
Według europosła Komisja Europejska opierała swoją propozycję na badaniach, które mówią, że produkcja biopaliw z produktów rolniczych przyczynia się pośrednio do wycinania lasów deszczowych m.in. w Brazylii, a tym samym, zamiast ograniczać emisje dwutlenku węgla do atmosfery, powoduje ich wzrost. "Niestety, informacja ta jest niemożliwa do zweryfikowania. Polsce zależy na zapewnieniu stabilności produkcji biopaliw z produktów rolniczych, dlatego chcemy utrzymania obecnego poziomu" - powiedział Grzyb po głosowaniu.
Propozycja będzie teraz przedmiotem negocjacji między Parlamentem Europejskim a Radą Europejską. Najpóźniej na kwietniowej sesji plenarnej PE musi przyjąć w drugim czytaniu stanowisko w sprawie proponowanych przepisów. Jeżeli do tego czasu żadnej wiążącej decyzji nie podejmie, to stanowisko Rady - czyli państw członkowskich - zostanie uznane za przyjęte.