W uzasadnieniu werdyktu sędziowie Trybunału zwrócili uwagę, że zaskarżone przepisy Prawa o szkolnictwie wyższym nakazują uregulowanie w rozporządzeniu warunków uzyskania dotacji przez szkoły niepubliczne. Tymczasem materia ta na mocy artykułu 70 ustępu 3 zdanie trzecie konstytucji wymaga wydania ustawy.
Równocześnie w prawie o szkolnictwie wyższym brak jest jakichkolwiek konkretnych kryteriów przyznawania środków publicznych. Są w niej jedynie zasady ogólne, które mogą być realizowane w różny sposób.
Zdaniem Trybunału, niekonstytucyjność zaskarżonych przepisów ma charakter oczywisty i rażący. Nakazują one bowiem ministrowi zastosowanie nieprawidłowej formy regulacji - rozporządzenia zamiast ustawy - a dodatkowo pozostawiają mu praktycznie całkowitą swobodę decydowania o treści aktu wykonawczego, który staje się tym samym samoistnym źródłem prawa. Wniosek w tej sprawie skierował do Trybunału Rzecznik Praw Obywatelskich.