Polska Komisja Akredytacyjna prowadzi dwa rodzaje ocen szkół wyższych: programową i instytucjonalną. Ocena programowa dotyczy jakości kształcenia na kierunkach, poziomach i profilach studiów wyższych. Z kolei ocena instytucjonalna bierze pod uwagę działalność podstawowych jednostek organizacyjnych uczelni wyższych oraz jakość kształcenia na studiach doktoranckich i podyplomowych. Podczas ostatniego posiedzenia sejmowej Komisji Edukacji, Nauki i Młodzieży, posłowie w ostatniej chwili zlikwidowali likwidującą ocenę instytucjonalną PKA. Studia doktoranckie i podyplomowe wypadły więc z systemu oceny jakości. Studia trzeciego stopnia zostały tym samym pozbawione jakiejkolwiek kontroli jakości.

W przypadku studiów podyplomowych oznacza to, że może dojść do sytuacji, w której uczelnia starci na skutek negatywnej oceny straci prawo do prowadzenia danego kierunku na poziomie licencjackim bądź magisterskim, ale będzie mogła prowadzić jego modyfikację na studiach podyplomowych.