Cykl życia projektu unijnego można podzielić na trzy części: aplikowanie o dofinansowanie, etap realizacyjny oraz fazę operacyjną. W trakcie każdej z nich może zostać przeprowadzona kontrola kwalifikowalności VAT.

Zasady przeprowadzania kontroli projektów zostały szczegółowo uregulowane w ustawie z 28 kwietnia 2022 r. o zasadach realizacji zadań finansowanych ze środków europejskich w perspektywie finansowej 2021–2027 (Dz.U. z 2022 r. poz. 1079; dalej: ustawa wdrożeniowa) oraz wydanych przez ministra funduszy i polityki regionalnej wytycznych z 26 października 2022 r. dotyczących kontroli realizacji programów polityki spójności na lata 2021–2027 (dalej: wytyczne).

Nawet po 10 latach

Zgodnie z ww. aktami prawnymi kontrole projektów (zwłaszcza ponoszonych wydatków) mają na celu sprawdzenie ich zgodności z przepisami prawa, właściwym programem, zasadami krajowymi i unijnymi oraz umową o dofinansowanie projektu (względnie decyzją o dofinansowaniu projektu). Beneficjent jest bezwzględnie obowiązany poddać się wszelkim kontrolom. Mogą być one prowadzone przez właściwe instytucje kontrolujące lub na zlecenie tych instytucji. Co istotne, kontrole mogą się rozpocząć już w dniu złożenia wniosku o dofinansowanie projektu. Maksymalny okres, w jakim mogą one zostać przeprowadzone, powinien z kolei wynikać z umowy o dofinansowanie (lub decyzji o dofinansowaniu projektu).

Zgodnie z wytycznymi weryfikacja kwalifikowalności VAT polega na sprawdzeniu zgodności przedłożonej przez beneficjenta dokumentacji oraz wykorzystywania efektów projektu z warunkami kwalifikowalności, wynikającymi z wytycznych dotyczących kwalifikowalności wydatków na lata 2021–2027 (nr dokumentu MFiPR/2021-2027/9[1]), patrz: komunikat ministra funduszy i polityki regionalnej z 18 listopada 2022 r. w sprawie wytycznych dotyczących kwalifikowalności wydatków na lata 2021–2027; M.P. z 2022 r. poz. 1119). Jak już wskazano, tego rodzaju kontrole mogą być prowadzone do dnia wskazanego w umowie o dofinansowanie. Termin ten powinien uwzględniać przede wszystkim zachowanie zasady trwałości projektu oraz okres, w którym możliwe jest odzyskanie podatku od towarów i usług, który został uznany za kwalifikowalny. Wytyczne w szczególności wskazują, że każda kontrola trwałości projektu może zostać rozszerzona o kontrolę innych elementów podlegających weryfikacji po zakończeniu realizacji projektu. Dotyczy to zwłaszcza występowania podwójnego finansowania w kontekście możliwości zmiany kwalifikowalności VAT.

Powyższe kryteria oznaczają, że projekt może podlegać kontroli nawet w okresie przekraczającym 10 lat. Taka sytuacja będzie dotyczyć głównie projektów infrastrukturalnych, do których zastosowanie znajdą reguły tzw. 10-letniej korekty VAT. W tych przypadkach prawo do odliczenia podatku naliczonego może bowiem powstać nawet dziewięć lat po oddaniu środka trwałego (nieruchomości) do użytkowania.

Takie podejście koresponduje z obowiązkiem składania przez beneficjentów oświadczeń, w których zobowiązują się oni do zwrotu zrefundowanej ze środków unijnych części VAT, jeżeli zaistnieją przesłanki umożliwiające odzyskanie tego podatku.

Procedury

Kontrola kwalifikowalności VAT w większości przypadków będzie polegać na złożeniu przez beneficjentów pisemnych wyjaśnień oraz udostępnieniu stosownych dokumentów instytucji kontrolującej. Można przykładowo wskazać, że beneficjent może zostać w szczególności zobowiązany do:

  • przekazania informacji o wysokości i rodzajach uzyskiwanych dochodów;
  • udostępnienia kopii deklaracji VAT (JPK_VAT), deklaracji cząstkowych lub ewidencji VAT;
  • przedłożenia uzyskanych interpretacji podatkowych lub wiążących informacji stawkowych w jakikolwiek sposób związanych z projektem;
  • udzielenia informacji o wartości współczynnika i prewspółczynnika VAT w poszczególnych latach, w tym prezentacji sposobu ich wyliczenia;
  • udzielenia wyjaśnień dotyczących sposobu wykorzystywania rzeczowych efektów projektu, w tym daty oddania ich do użytkowania.

Wszystkie wyżej wymienione kwestie mają istotne znaczenie w kontekście weryfikacji możliwości odliczenia VAT.

Informacja pokontrolna i zastrzeżenia

Zgodnie z ustawą wdrożeniową po zakończeniu kontroli sporządza się informację pokontrolną. Z punktu widzenia interesów podmiotu kontrolowanego niezwykle istotne jest wniesienie umotywowanych zastrzeżeń do tej informacji. Zastrzeżenia trzeba wnieść w terminie 14 dni i należy w nich szczegółowo przedstawić własne stanowisko oraz wyartykułować ewentualne błędy instytucji kontrolującej. Sporządzenie tego pisma może stanowić jedną z nielicznych możliwości zaprezentowania własnego stanowiska w sprawie. Po rozpatrzeniu zastrzeżeń instytucja kontrolująca sporządza ostateczną informację pokontrolną.

Na te m.in. tematy mówić będziemy podczas specjalistycznych warsztatów „Dofinansowania i nowa perspektywa finansowa – jak ułożyć projekt pod kątem podatkowym i finansowym? Kwalifikowalność VAT”. Będą one częścią Kongresu Perły Samorządu 2024, zaplanowanego na 23–24 maja w Gdyni. W trakcie spotkań przedstawicieli gmin i powiatów z ekspertami będzie możliwość zadawania pytań i wyjaśniania wątpliwości. ©℗