Komorowski zaskarżył zapis dotyczący pobierania komórek rozrodczych od dawcy niezdolnego do świadomego wyrażenia na to zgody. Taką możliwość przewidziano w celu zabezpieczenia płodności na przyszłość, np. w sytuacji niebezpieczeństwa jej utraty lub istotnego upośledzenia na skutek choroby, urazu albo leczenia. Ustawa zezwala w takich sytuacjach na pobieranie komórek rozrodczych również od osób, które nie są zdolne do świadomego wyrażenia zgody.
Odnosząc się do wniosku prezydenta, Prokurator Generalny ocenił, że "ingerowanie w tak intymną sferę, jaką jest ludzki potencjał reprodukcyjny, bez zgody i wiedzy zainteresowanego, stanowi bez wątpienia naruszenie autonomii decyzyjnej jednostki, niezależnie od tego, że samo zastosowanie komórek rozrodczych (...) w procedurze medycznie wspomaganej prokreacji (...) może nastąpić m.in. po uzyskaniu samodzielnej i "oświeconej", a więc podjętej na podstawie należytego rozpoznania okoliczności faktycznych, zgody zainteresowanego".
Jego zdaniem nie tylko pozytywne decyzje w sprawie prokreacji, ale także decyzje o powstrzymaniu się od niej, należy zaliczyć do sfer szczególnie silnie związanych z ochroną autonomii życia prywatnego każdego człowieka.
Prokurator podkreślił, że pacjent ma możliwość samodzielnej oceny potrzeby i metod postępowania leczniczego, a lekarz powinien uszanować jego wolę. Zaznaczył jednocześnie, że ustawa o zawodach lekarza i lekarza dentysty przewiduje ograniczenie tej reguły np. w sytuacji, gdy zwłoka spowodowana koniecznością uzyskania zgody groziłaby niebezpieczeństwem utraty życia, ciężkiego uszkodzenia ciała lub ciężkiego rozstroju zdrowia.
Jednak - zdaniem PG - procedura zabezpieczenia płodności na przyszłość nie tylko nie mieści się w granicach określonych tymi przepisami, ale "nie stanowi też sytuacji porównywalnej, która uzasadniałaby zastosowanie porównywalnego w swej istocie unormowania".
Z kolei rzecznik praw obywatelskich zaskarżył do TK ustawę w zakresie braku możliwości skorzystania przez samotne kobiety z ich wcześniej zamrożonych zarodków. Bodnar wskazywał, że w ustawie brak jest przepisów przejściowych w tej kwestii.
W ocenie Prokuratora wątpliwości budzi rozstrzygnięcie w ten sposób konfliktu wartości: dobra dziecka, które ma się urodzić w wyniku procedury in vitro, (nieuwzględniającego jednak postulatu, by członków rodziny łączyła więź biologiczna) i prawa do prywatności kobiety, którego elementem jest prawo do decyzji w sferze prokreacji.
Zdaniem PG takie ograniczenie jest uzasadnione w sytuacji kobiet chcących skorzystać z in vitro po wejściu w życie ustawy, jednak wątpliwości budzi wyłączenie możliwości stosowania tej procedury wobec samotnych kobiet, które wcześniej zdeponowały zarodki powstałe z ich komórki rozrodczej i komórki anonimowego dawcy. Prokurator wskazał, że kobietom tym odebrano możliwość decydowania o sposobie wykorzystania zarodka, co redukuje ich rolę do porównywalnej z anonimowym dawcą komórek rozrodczych.
Prokurator negatywnie ocenił także brak odpowiednich przepisów przejściowych, które dałyby kobietom czas na dostosowanie się do zmienionych regulacji i spokojne podjęcie decyzji co do dalszego postępowania. "Należy uznać, że ustawodawca naruszył zasadę ochrony zaufania do państwa i stanowionego przez nie prawa" - czytamy w piśmie podpisanym przez zastępcę prokuratora generalnego Roberta Hernanda.
Prokurator zauważył też, że na tle poprzedniego stanu prawnego brak było ograniczeń podmiotowych w zakresie możliwości uczestniczenia w procedurze in vitro. Dopuszczalne było również tworzenie w ramach tej procedury dodatkowych zarodków, których przeniesienie do organizmu biorczyni miało nastąpić w późniejszym okresie. "W tym stanie rzeczy należałoby uznać, iż wejście w życie ustawy było zmianą w obowiązującym prawie, wpływającą na sytuację prawną obywateli i innych podmiotów prawa" - ocenił PG.
Zgodnie z ustawą o leczeniu niepłodności procedura in vitro może być podejmowana przez pary - małżeńskie i nieformalne - po wyczerpaniu innych metod leczenia, prowadzonych przez co najmniej 12 miesięcy. Ustawa dopuszcza też dawstwo zarodka - wyłącznie na rzecz anonimowej biorczyni.
Komórki rozrodcze mogą być pobierane w celu dawstwa partnerskiego (czyli zastosowania ich u biorczyni pozostającej z dawcą w związku małżeńskim albo we wspólnym pożyciu) bądź innego niż partnerskie (w celu zastosowania ich u anonimowej biorczyni). Możliwe jest to także w celu zabezpieczenia płodności na przyszłość, np. przed poddaniem się terapii, która może upośledzić zdolność płodzenia.