W lipcu 2015 r. Trybunał umorzył postępowanie w tej sprawie. MON, dla którego reforma dowództw była jednym z najpoważniejszych przedsięwzięć mijającej kadencji, poinformowało o tym rozstrzygnięciu w piątek. Jak tłumaczył Siemoniak, informacja ta dotarła do resortu dopiero dzień wcześniej.
Wicepremier w rozmowie z PAP podkreślił, że jego ministerstwo na różnych etapach dbało o zgodność z konstytucją zapisów wprowadzających reformę. "Wydaje mi się, że ten wniosek (do TK - PAP) był polityczny, wynikający z gorącej dyskusji wokół tego tematu w Sejmie i jestem zadowolony z tego, że Trybunał uznał, że nie znajduje w tym wniosku podstaw do tego, żeby wypowiadać się o niekonstytucyjności tej ustawy" - powiedział w piątek Siemoniak.
"Myślę, że jest to dobre rozstrzygnięcie, które powinno ustabilizować sytuację, bo mimo wszystko jakaś wątpliwość wisiała tutaj, skoro sprawa była w Trybunale" - dodał szef MON.
Do reprezentowania wnioskodawców byli wyznaczeni dwaj ówcześni posłowie PiS - Mariusz Antoni Kamiński (wyrzucony z partii w listopadzie 2014 r. po głośnej sprawie służbowego wyjazdu) oraz obecny prezydent i zwierzchnik sił zbrojnych Andrzej Duda.
Pytany o Dudę Siemoniak powiedział: "Nikomu nie można odmówić prawa do wątpliwości prawnej czy konstytucyjnej, więc ja tutaj nie przenoszę w ogóle tego, że wtedy pan poseł Andrzej Duda był jednym z wnioskodawców. Dzisiaj jest prezydentem, zwierzchnikiem sił zbrojnych i myślę, że ta sprawa nie rzutuje ani na naszą współpracę, ani na podejście prezydenta do sił zbrojnych".
Szef MON dodał, że nie rozmawiał z prezydentem Dudą o wniosku do TK, ale przy okazji rozmowy o funkcjonowaniu sił zbrojnych zwracał uwagę, że nowy system dowodzenia armią działa od początku 2014 r. "Korygujemy go w pewnych punktach, ale generalnie uważam, że dobrze on służy. Sprawdził się w czasie kryzysu ukraińsko-rosyjskiego" - argumentował Siemoniak.
Zdaniem wicepremiera nowy system dowodzenia także wzmacnia cywilną kontrolę nad armią. Szefowi MON nie podlega bezpośrednio - jak to było wcześniej - tylko szef Sztabu Generalnego Wojska Polskiego, przez którego odbywało się stawianie zadań, kontrola, rozliczanie i dowodzenie. Po reformie minister ma trzech podwładnych - szefa SG WP oraz dowódców rodzajów sił zbrojnych - generalnego i operacyjnego.
"Minister nie musi polegać tylko na jednym źródle, ale może stawiając zadania czy rozliczając z ich wykonania korzystać z tego, że ma szefa Sztabu Generalnego, który jest jego głównym wojskowym doradcą, a dowodzą wojskiem dowódca generalny podczas szkolenia i dowódca operacyjny, gdy zachodzi konieczność używania wojsk" - powiedział Siemoniak.
Pod koniec lipca TK w pięcioosobowym składzie umorzył na wstępnym etapie postępowanie w sprawie konstytucyjności reformy dowodzenia. W uzasadnieniu napisano, że wniosek PiS został wadliwie skonstruowany, na co uwagę zwracali także marszałek Sejmu i Prokurator Generalny (uczestniczą we wszystkich postępowaniach przed Trybunałem). Wnioskodawcy - uznał TK - jedynie wymienili przepisy konstytucji, z którymi miała być niezgodna ustawa wprowadzająca reformę, ale nie przestawili adekwatnych argumentów świadczących o naruszeniu konstytucji.
Zdanie odrębne zgłosił sędzia TK Mirosław Granat. "Umorzenie ma charakter arbitralny. Wniosek powinien zostać rozpatrzony merytorycznie" - napisał.
Przed reformą każdy rodzaj sił zbrojnych - Wojska Lądowe, Siły Powietrzne, Marynarka Wojenna i Wojska Specjalne - miał oddzielnego dowódcę. Od 2014 r. funkcjonują dwa połączone dowództwa rodzajów sił zbrojnych - generalne i operacyjne. Pierwsze jest odpowiedzialne za szkolenie, przygotowanie armii do działań i jej funkcjonowanie w czasie pokoju. Drugie dowodzi siłami wydzielonymi do misji zagranicznych, a w razie potrzeby przejmie dowodzenie w czasie kryzysu lub wojny. Po reformie Sztab Generalny WP przestał dowodzić armią, a zajął się planowaniem strategicznym, planami rozwoju armii oraz doradzaniem prezydentowi, premierowi i szefowi MON w sprawach obronności.
Skierowanie wniosku do TK PiS zapowiadał jeszcze podczas sejmowych prac nad nowelą ustawy o urzędzie ministra obrony, która wprowadziła reformę. Jej założenia przygotowały wspólnie MON i BBN. Zarówno Siemoniak, jak i ówczesny szef BBN Stanisław Koziej zapewniali wtedy, że są spokojni o rozstrzygnięcie Trybunału. Reforma nie zniosła dowódców rodzajów sił zbrojnych, a jedynie zmieniła formułę tych dowództw - wskazywał wówczas gen. Koziej.