Elektroniczne PIT-y przesyłane za pomocą aplikacji innych niż sprawdzone przez Ministerstwo Finansów mogą nie trafić do urzędu skarbowego.
Z sondy DGP przeprowadzonej wśród izb skarbowych wynika, że osoby korzystające z powszechnie oferowanych w internecie programów nierzadko mają problemy z prawidłowym przesłaniem e-PIT. Czasem mogą nawet nie być świadome, że zeznanie w ogóle nie trafiło do fiskusa. Pewność, że wszystko przebiegło prawidłowo, daje jedynie urzędowe poświadczenie odbioru (UPO), które wysyłający powinien otrzymać.
Darmowe oprogramowanie do wypełniania i przesyłania PIT drogą elektroniczną często jest takie jedynie z nazwy. Nie daje np. możliwości wyboru organizacji pożytku publicznego, której można przekazać 1 proc. podatku. Jest to więc transakcja wiązana: podatnik może skorzystać z aplikacji, ale musi przekazać 1 proc. PIT określonej instytucji (nie może wpisać innego numeru KRS niż już uwzględniony w programie). Podatnicy na takie aplikacje skarżyli się izbom skarbowym w: Bydgoszczy, Katowicach, Krakowie, Kielcach, Gdańsku, Olsztynie i Łodzi.