Największy sprzeciw akademików budzi rozwiązanie, które – jak wskazują – odrzuca podział uczelni na wydziały. Podkreślają, że to właśnie tam prowadzone są badania i nauczanie oraz rodzą się i dojrzewają talenty naukowe.
Naukowcy kwestionują też zniesienie obowiązku habilitacji. W ich ocenie spowoduje to obniżenie poziomu nauki i naruszy zasadę równości szans w awansach naukowych.
Krytycznie podchodzą też do profesorów uczelni bez habilitacji. W ich ocenie łamie ona zasadę jedności badań i nauczania. Oznacza bowiem, że można w szkole wyższej wykładać bez prowadzenia badań.
Trudno im również zrozumieć, dlaczego na uczelniach nie będzie już można łączyć zajęć studentów stacjonarnych z niestacjonarnymi. Podkreślają, że do tej pory uważano, iż taki system mieszany umożliwia podciąganie osób słabszych. Dlatego, w ich ocenie, regulacja taka uderzy głównie w uczelnie publiczne i w samych studentów niestacjonarnych.
W uchwale czytamy też, że projekt przewiduje faktyczną likwidację autonomii uczelni, m.in. wskutek wprowadzenia sterowanego z zewnątrz organu zwanego radą.
W konkluzjach wskazano, że wbrew intencjom projektodawców za sprawą projektu ustawy 2.0 zwiększy się „nieefektywność systemu nauki” i istniejąca z tego powodu w wielu środowiskach akademickich zawodowa apatia. Dlatego konieczne jest podjęcie na szczeblu parlamentarnym działań, które zahamują ten proces.