Polska Akademia Nauk jako instytucja naukowa działająca poza strukturą wyższych uczelni i podlegająca bezpośrednio premierowi jest często postrzegana niejednoznacznie. Istnieje nie do końca sprecyzowane oczekiwanie, że PAN powinna się zreformować i otworzyć na nowe wyzwania. Przedstawiciele środowisk naukowych z uczelni z jednej strony zabiegają o przynależność do PAN, co jest traktowane jako wyróżnik prestiżu naukowego, a z drugiej często patrzą na nią z dużą dozą nieracjonalnego krytycyzmu.
Obecnie PAN składa się z korporacji uczonych i instytutów naukowych. Korporację tworzą krajowi członkowie rzeczywiści i korespondenci oraz członkowie zagraniczni. Należy do niej także zaliczyć członków Akademii Młodych Uczonych oraz członków ponad 90 komitetów naukowych i problemowych PAN. Członkowie PAN są wybierani w tajnych wyborach, przy czym członkostwo jest dożywotnie. Dlatego średni wiek członków jest bardzo wysoki i stale rośnie.
Istnieje potrzeba nowego spojrzenia na rolę i znaczenie PAN w polskim krajobrazie nauki. Docelowo mogłaby się ona składać z trzech filarów, mających dużą autonomię w ramach PAN, kierowanych przez jej prezesa i podlegających bezpośrednio premierowi. Pierwszym podstawowym filarem byłaby Korporacja Naukowa PAN. Obecnie Akademia składa się z wydziałów. Jeśli jednak ma ona być wyjątkową instytucją naukową, taki podział wydaje się anachroniczny. Upodobnia PAN do struktury istniejącej w szkołach wyższych. Zasadne jest pytanie krytyków, po co nam akademia, która odwzorowuje sztywny podział nauki istniejący w szkolnictwie wyższym.
Najważniejszym wyznacznikiem PAN powinna być interdyscyplinarność. Ten aspekt powinien być spójny dla wszystkich trzech filarów. Korporacja jest z natury interdyscyplinarna, ponieważ zrzesza wybitnych uczonych ze wszystkich dziedzin nauki. Do Korporacji PAN powinien być jednak wprowadzony przemyślany mechanizm gwarantujący odmładzanie jej składu lub przynajmniej niepowiększanie średniej wieku jej członków.
Drugim filarem powinien być Uniwersytet Badawczy PAN zrzeszający najlepsze instytuty naukowe o dużej samodzielności i autonomii, prowadzący kształcenie na trzecim poziomie. Uniwersytet Badawczy miałby zatem nie tylko mocno zarysowaną stronę badawczą, ale także kształciłby wysoko kwalifikowaną młodą kadrę naukową na poziomie doktorskim. Instytuty PAN są do tego szczególne predysponowane, ponieważ kształcenie na poziomie doktorskim powinno być immanentnie związane z prowadzeniem zaawansowanych badań naukowych. Ten proces wymaga jednak jasnego uregulowania finansowania studiów doktoranckich oraz kontroli ze strony PAN poziomu naukowego tych studiów.
Codzienną praktyką powinno być pozyskiwanie kadry naukowej w wyniku otwartych konkursów i zatrudnianie pracowników z innych krajowych i zagranicznych ośrodków naukowych. Należy wprowadzić mechanizmy przepływu kadry naukowej między instytutami PAN, szkołami wyższymi i zagranicznymi jednostkami naukowymi. Wymaga to opracowania procedur transferu naukowców, zwłaszcza między uczelniami wyższymi i instytutami, aby możliwa była okresowa wymiana pracowników naukowych. Taki mechanizm powinien się znaleźć także w ustawie o szkolnictwie wyższym. Uniwersytet Badawczy PAN przy obecnym potencjale mógłby się znaleźć wysoko w międzynarodowych rankingach i stać się najbardziej rozpoznawalnym polskim uniwersytetem.
Istotną rolę we współpracy międzynarodowej mogą odegrać stacje naukowe PAN znajdujące się w kilku miastach Europy. Żadna polska uczelnia nie ma takich „ambasad” za granicą. Idea uniwersytetów badawczych jest w Polsce dyskutowana od jakiegoś czasu, ale dotychczasowe pomysły były związane z koncepcją przekształcenia w nie niektórych uczelni poprzez ograniczenie dydaktyki i skupienie się na badaniach naukowych. Zaproponowana koncepcja jest najbardziej naturalnym urzeczywistnieniem idei takiego uniwersytetu.
Trzecim filarem mogłaby być Agencja Badawcza PAN dająca możliwość aktywnego oddziaływania na kierunki prowadzonych badań naukowych w PAN i w całym kraju, zorganizowana np. w formie fundacji. Agencja powinna finansować głównie interdyscyplinarne badania naukowe oraz otwarte badania i działania o charakterze innowacyjnym. Czynne wspieranie tego typu badań powinno wyraźnie różnić się od tego, co i jak finansuje NCN, NCBR i FNP. Agencja Badawcza PAN może być finansowana z różnych źródeł: rządowych, z dochodów ze sprzedaży niepotrzebnego majątku PAN, ze źródeł zagranicznych oraz dobrowolnych składek instytucji państwowych i prywatnych oraz osób fizycznych.
Powołanie Agencji Badawczej umożliwiłoby prowadzenie autonomicznej i aktywnej polityki naukowej przez PAN. Zrzeszając najwybitniejszych polskich uczonych (Korporacja), prowadząc badania na najwyższym poziomie (Uniwersytet Badawczy) i koordynując finansowanie najlepszych interdyscyplinarnych projektów badawczych (Agencja Badawcza), PAN stałaby się wyjątkową instytucją prowadzącą działalność ekspercką i doradczą dla rządu RP, wytyczającą kierunki badań naukowych. Proponowana koncepcja Agencji Badawczej PAN jako instytucji poszerzającej ofertę dla polskich uczonych w pozyskiwaniu funduszy na badania interdyscyplinarne będzie realna, pod warunkiem, że PAN uda się pozyskać środki na jej działanie.
Kluczowym elementem taktyki umożliwiającej realizację zarysowanej strategii powinno być szybkie opracowanie i ogłoszenie koncepcji reformy PAN. Umożliwi to aktywny udział w dyskusji nad nowymi rozwiązaniami organizacyjnymi w nauce. Jeśli PAN ma przetrwać, musi wydać z siebie nową jakość. Stać się znów atrakcyjną instytucją naukową, a przede wszystkim odzyskać pewność siebie. A to można zrobić, jedynie proponując śmiałe pomysły, odpierając nieracjonalną krytykę i dbając o jakość swoich instytucji.