Kontrolerzy NIK wyliczyli, że Fundusz kontroluje jednostki, z którymi zawarł umowę o wykonywanie świadczeń medycznych, średnio co 12 - 13 lat. Jednostki podstawowej opieki zdrowotnej (poz), które sprawują kontrolę nad zdrowiem ludności całego kraju (obejmują m. in. lekarzy pierwszego kontaktu, przychodnie, nocną i świąteczną opiekę zdrowotną) mogą spodziewać się kontroli przeciętnie co 24 lata, a przychodnie stomatologiczne raz na 18 lat. Rekord pobił wrocławski oddział NFZ, któremu podległe przychodnie stomatologiczne mogą spodziewać się kontroli jakości i dostępności swoich usług średnio raz na 18 lat.
Zarazem wiele dużych jednostek, szczególnie szpitali, sprawdzanych jest po kilka razy w roku. Kontrole te jednak pomijają aspekt jakościowy, koncentrując się na rozliczeniach dużych kwot kontraktów. Ta nierównowaga sprawia, że większość jednostek służby zdrowia jest poza nadzorem NFZ, a niektóre zakresy świadczeń medycznych pozostają poza jakąkolwiek kontrolą Funduszu. Zbyt rzadko prowadzone kontrole oznaczają łamanie zasady działania Funduszu, która nakazuje oddziałom nadzorować pod względem jakości i dostępności świadczeń medycznych każdą jednostkę co najmniej raz na pięć lat.
Potwierdzają to także dane z kontroli NIK przeprowadzonej w pięciu oddziałach NFZ. W latach 2003 - 2012 na 250 zbadanych jednostek służby zdrowia szpitale kontrolowane były od kilku do kilkunastu razy. W tym czasie ponad 54 proc. podmiotów udzielających innych rodzajów świadczeń nie podlegało kontroli ani razu.
Główną przyczyną takiego stanu rzeczy jest zbyt mała ilość środków finansowych przeznaczanych przez prezesa Funduszu na działalność kontrolną - zaledwie 0,05 proc. wszystkich kosztów ponoszonych przez NFZ. W efekcie brakuje pieniędzy na kontrole oraz zatrudnianie w komórkach kontrolnych wysoko kwalifikowanych kadr. Brak kontrolerów z medycznym wykształceniem uniemożliwia ocenę jakości i prawidłowości świadczeń medycznych.
W odpowiedzi na uwagi NIK prezes NFZ planuje wykreślenie z zarządzenia dotyczącego działalności Funduszu wymogu kontrolowania każdej jednostki przynajmniej co pięć lat. Według Izby to złe rozwiązanie, i to zarówno ze względu na zdrowie pacjentów, jak i interes budżetu państwa. Świadczą o tym efekty tych nielicznych kontroli, które NFZ udało się przeprowadzić. Wynikające z nich korzyści finansowe były w latach 2010 - 2011 ponad trzykrotnie wyższe niż koszty przeprowadzenia samych kontroli. NIK docenia sprawność i skuteczność oddziałów NFZ w egzekwowaniu kar i nienależnie przekazanych kwot.
Izba zwraca ponadto uwagę na nierzetelność Centralnego Wykazu Ubezpieczonych, którym dysponują oddziały NFZ. Dane w nim zawarte są często błędne lub nieaktualne. Nie są więc wiarygodną informacją o statusie osób ubezpieczonych. Nie mogą być także podstawą do sprawnej weryfikacji rozliczeń z jednostkami służby zdrowia. NIK wnioskuje do instytucji przekazujących dane (MSW, ZUS, KRUS) o poprawę sposobu gromadzenia i weryfikacji danych.