Apteka ogólnodostępna może być prowadzona tylko na podstawie uzyskanego zezwolenia.
Wydaje je wojewódzki inspektor farmaceutyczny. Zezwolenia na prowadzenie apteki nie wydaje się, jeżeli podmiot ubiegający się o zezwolenie prowadzi lub wystąpił z wnioskiem o wydanie zezwolenia na prowadzenie obrotu hurtowego produktami leczniczymi lub prowadzi na terenie województwa więcej niż 1 proc. aptek ogólnodostępnych. Tak samo jest, gdy podmioty przez niego kontrolowane w sposób bezpośredni lub pośredni prowadzą łącznie więcej niż 1 proc. aptek na terenie województwa. Zezwolenia nie dostanie także członek grupy kapitałowej, której członkowie prowadzą na terenie województwa więcej niż 1 proc. aptek ogólnodostępnych.
W sytuacji gdy skurczy się rynek, a przedsiębiorca ma już wydane zezwolenie, nie musi on jednak likwidować apteki (bądź zbywać udziałów w spółce kapitałowej prowadzącej aptekę). Wynika to z wykładni językowej art. 99 ust. 3 ustawy – Prawo farmaceutyczne. Z tego przepisu wynika, że ocenia się stan faktyczny na dzień wydawania lub odmowy wydania zezwolenia. Zmiany rynkowe, które nastąpiły po wydaniu zezwolenia, nie mają więc wpływu na wydane zezwolenie. W szczególności ustawa nie wspomina o możliwości cofnięcia lub ograniczenia zezwolenia w przypadku ograniczenia rynku rozumianego w ten sposób, że wskutek likwidacji aptek prowadzonych przez inne podmioty dany podmiot zaczyna przekraczać granicę 1 proc. Taki podmiot będzie jednak ograniczony w ten sposób, że nie otrzyma kolejnego zezwolenia na prowadzenie apteki na terenie danego województwa.