O ile składane do 15 listopada danego roku budżetowego projekty takich uchwał podlegają jedynie opiniowaniu przez RIO, o tyle właściwe uchwały budżetowe podejmowane na przełomie grudnia i stycznia są już weryfikowane dwustopniowo.

Zadania opiniodawcze regionalnych izb obrachunkowych - w stosunku do podjętych już uchwał budżetowych - to stanowiska wydawane na podstawie art. 230 ust. 4 oraz art. 246 ust. 3 ustawy z 27 sierpnia 2009 r. o finansach publicznych (t.j. Dz.U. z 2021 r. poz. 305; ost.zm. Dz.U. z 2021 r. poz. 1991). Z podanych regulacji wynika, że RIO na podstawie przyjętej przez jednostkę samorządu terytorialnego wieloletniej prognozy finansowej oraz uchwały budżetowej przedstawia opinię w sprawie prawidłowości planowanej kwoty długu danej JST wynikającej z planowanych i zaciągniętych zobowiązań, o której mowa w art. 226 ust. 1 pkt 6. Ponadto regionalna izba obrachunkowa przedstawia opinię w sprawie możliwości sfinansowania deficytu przedstawionego przez jednostkę samorządu terytorialnego.
Opinie składów orzekających RIO podejmowane w ww. sprawach jakkolwiek są istotne z punktu widzenia gospodarki finansowej, to jednak posiadają status jedynie opinii. Nie mają więc takiej samej mocy i skutków, jak rozstrzygnięcia nadzorcze podejmowane w stosunku do uchwały budżetowej.
Postępowanie nadzorcze, w odróżnieniu od opiniodawczego, umożliwia regionalnej izbie obrachunkowej realne kwestionowanie zapisów uchwały budżetowej niezgodnych z prawem. Uprawnienie do prowadzenia tego typu postępowania wynika z art. 12 ustawy z 7 października 1992 r. o regionalnych izbach obrachunkowych (t.j. Dz.U. z 2019 r. poz. 2137), gdzie postanowiono, że:
„1. Izba, prowadząc postępowanie nadzorcze w sprawie uznania uchwały budżetowej organu stanowiącego jednostki samorządu terytorialnego za nieważną w całości lub w części, wskazuje nieprawidłowości oraz sposób i termin ich usunięcia.
2. Jeżeli organ właściwy w wyznaczonym terminie nie usunie nieprawidłowości, o których mowa w ust. 1, kolegium izby orzeka o nieważności uchwał w całości lub w części.
3. W przypadku stwierdzenia nieważności uchwały budżetowej w całości lub w części budżet lub jego część dotknięte nieważnością ustala kolegium izby”.
W praktyce realizacja ww. postępowania jest niejako dwuetapowa - jeśli RIO ustali, że występują naruszenia prawa w danej uchwale budżetowej. W pierwszym etapie izba formalnie podejmuje uchwałę, w której:
  • stwierdza istotne naruszenie prawa,
  • nakazuje w określonym terminie usunąć ww. naruszenie pod rygorem ww. art. 12 ust. 2 ustawy o regionalnych izbach obrachunkowych.
W kontekście ww. schematu postępowania można wspomnieć o typowym naruszeniu występującym w uchwale budżetowej, a dotyczącym zaplanowania wydatków na tzw. pomoc finansową dla innej jednostki samorządu terytorialnego w sytuacji, gdy uprzednio organ stanowiący (np. rada gminy) nie podjął specjalnej uchwały o udzieleniu pomocy finansowej innej jednostce. W tej konfiguracji istnieje więc zaplanowany w budżecie wydatek, mimo braku wspomnianej uchwały konkretyzującej ów wydatek w formie pomocy finansowej. Jak już wyżej wspomniano, wydanie ww. uchwały stanowi dopiero pierwszy etap postępowania nadzorczego. Natomiast w drugim etapie, regionalna izba obrachunkowa podejmuje kluczową decyzję. Wówczas albo umarza postępowanie nadzorcze (stosując do tego odpowiednio przepisy kodeksu postępowania administracyjnego, tj. art. 105 par. 1), albo stwierdza nieważność uchwały budżetowej lub jej części.
W praktyce prawie zawsze dokonuje umorzenia postępowania, bowiem dana jednostka po prostu dokonuje naprawy ustalonych przez izbę nieprawidłowości. Warto w tym miejscu dodać, że w przypadku stwierdzenia nieważności uchwały budżetowej w całości lub w części budżet lub jego część dotknięte nieważnością ustala kolegium izby.
Jak więc z powyższego wynika, postępowanie nadzorcze, inaczej niż postępowanie opiniodawcze, może skutkować poważnymi konsekwencjami prawnymi w stosunku do gminy, a ściślej rzecz ujmując, w stosunku do przyjętej przez radę gminy uchwały budżetowej. Co wymaga podkreślenia, postępowanie nadzorcze jest niejako wszczęte warunkowo, bowiem jak już zaznaczono, postępowanie to podlega umorzeniu, gdy dana jednostka samorządowa zweryfikuje swój błąd w terminie wskazanym przez RIO (podejmie uchwałę w sprawie zmiany uchwały budżetowej). Wówczas też regionalna izba obrachunkowa wydaje odrębną uchwałą w tym zakresie przedmiotowym.