Efektem zmian będzie spadek dochodów z PIT o 20‒22 mld zł i duże straty dla samorządów. Według szacunków Ministerstwa Finansów mogą one wynieść nawet połowę tej kwoty, czyli 10‒11 mld zł rocznie. Niektóre miasta już wstępnie oszacowały, ile reforma PiS będzie je kosztować. Poznań mówi, że zmniejszenie wpływów podatkowych o 400–500 mln zł rocznie to strata równa co najmniej 15 proc. dochodów własnych miasta. Kolejne 50 mln zł rocznie to szacowany efekt podniesienia progu podatkowego. Władze Warszawy wyliczyły zaś, że podniesienie kwoty wolnej (przy założeniu, że kwota wolna w wysokości 30 tys. zł będzie powszechna i równa dla wszystkich podatników) spowoduje blisko 50-proc. ubytek w dochodach miasta z PIT. Oznacza to coroczny ubytek dochodów z udziału w PIT ponad 3,2 mld zł. Z kolei podwyższenie progu podatkowego z 85 tys. do 120 tys. zł to ubytek w wysokości od kilkudziesięciu do blisko 100 mln zł rocznie.
Rząd jednak zapowiada, że zrekompensuje JST mniejsze wpływy do budżetów przez subwencję inwestycyjną. Według informacji medialnych ma się ona składać z dwóch części. Pierwsza miałaby wspierać samorządowe inwestycje, a druga, dodatkowa, pomagać biedniejszym samorządom, wyrównując dysproporcje rozwojowe. Pieniądze miałyby pójść, jak mówił premier, na projekty drogowe, kolejowe, infrastrukturalne, wodno-kanalizacyjne, gazowe, energetyczne czy internetowe – takie, które przyciągną inwestorów i zmniejszą bezrobocie.