Czy jednak ustawowy zakaz przynależności do partii oznacza, że sekretarz gminy musi być apolityczny? Odpowiedzi na to pytanie wielokrotnie udzielały sądy powszechne. W wyroku z dnia 6 września 2011r. sygn. akt A/Wr 294/11, Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu podkreślił, że zakaz tworzenia partii oraz przynależności do nich nie oznacza nakazu całkowitej apolityczności sekretarza w rozumieniu wyzbycia się wszelkich poglądów i sympatii politycznych oraz ich ewentualnego wyrażania na zewnątrz. Sekretarz może, zatem posiadać własne przekonania polityczne a nawet je uzewnętrzniać.
Co ważne, z dniem wejścia w życie wspomnianej ustawy o pracownikach samorządowych, na mocy art. 53, zmieniono podstawę zatrudniania sekretarzy z powołania na umowę o pracę na czas nieokreślony. Bez wątpienia nowelizacja przepisów w tym zakresie wiązała się z tym, iż z samego założenia stanowisko sekretarza ma być gwarancją na profesjonalizm i przede wszystkim ciągłość pracy administracji samorządowej, stąd również wspomniany zakaz przynależności sekretarzy do partii politycznych.
Zmiana ta wprowadziła także ograniczenia w zakresie swobodnego zwalniania sekretarzy przez szefów jednostek samorządów terytorialnych i dała sekretarzom kodeksową ochronę w sytuacji bezpodstawnego i niezgodnego z prawem rozwiązania stosunku pracy. Przykładem takiego, niezgodnego z prawem rozwiązania stosunku pracy może być właśnie rozwiązanie podyktowane odmiennymi poglądami politycznymi sekretarza bądź jego współpracą z poprzednim burmistrzem. Zgodnie, bowiem z art. 183a § 1 kodeksu pracy, pracownicy powinni być równo traktowani w zakresie nawiązania i rozwiązania stosunku pracy, warunków zatrudnienia, awansowania oraz dostępu do szkolenia w celu podnoszenia kwalifikacji zawodowych, także bez względu na swoje przekonania polityczne. Zwolnienie sekretarza gminy tylko z uwagi na jego przekonania polityczne lub współpracę z poprzednim burmistrzem będzie zatem stanowiło przejaw dyskryminacji.
Powyższe, potwierdził Sąd Apelacyjny w Łodzi w wyroku z dnia 14 września 2018r. w sprawie III APa 18/18, utrzymując w mocy wyrok sądu I instancji zasądzający 20 tys. zł tytułem zadośćuczynienia za dyskryminacyjne zwolnienie sekretarza z powodu jego rzekomych poglądów politycznych oraz nakazujący pozwanemu urzędowi opublikowanie przeprosin za naruszenie dób osobistych i nierówne traktowanie. Sąd I instancji stwierdził, iż, "rozwiązanie stosunku pracy z powódką na stanowisku sekretarza urzędu nastąpiło z powodu utraty zaufania do powódki, która to utrata zaufania wiązała się z okolicznością, iż powódka była lojalna wobec poprzedniego burmistrza, współpracowała z nim i realizowała zadania wynikające z polityki poprzedniego burmistrza". Sąd podkreślił ponadto, że "powódka, jako sekretarz urzędu nie otrzymała szansy, aby wykazać lojalność wobec nowego burmistrza” a "sposób potraktowania powódki, osoby z 30-letnim stażem pracy, a w szczególności w odstępie kilku miesięcy, ponowne rozwiązanie z nią stosunku pracy na stanowisku, które poprzednio przed objęciem stanowiska sekretarza urzędu zajmowała, bez próby przeniesienia powódki na inne stanowisko, nosi cechy dyskryminacji w zatrudnieniu”. Sąd potwierdził także, że zasadny był zawarty w pozwie zarzut molestowania i naruszenia dóbr osobistych powódki. Powyższy wyrok nie jest jedyny. Już wcześniej, sądy podkreślały, iż rozwiązanie stosunku pracy z sekretarzem, że względu na jego przekonania polityczne jest niedopuszczalne. Zdaniem sądów bowiem, gdyby ustawodawca chciał umożliwić szefom jednostek swobodne dokonywanie zmiany sekretarza np. tylko, dlatego, że współpracował z ich poprzednikiem (oponentem politycznym), to stosunek pracy sekretarza byłby nawiązywany na podstawie powołania albo sekretarz odchodziłby razem ze swoim szefem na podobnych zasadach jak asystenci i doradcy. Tymczasem, „ustawodawca wręcz przeciwnie, zamierzał wprowadzić rozwiązanie prawne zapewniające osobom zajmującym te stanowiska stabilność, aby zapewnić ciągłość administracji samorządowej” (wyrok Sądu Okręgowego w Suwałkach, III Wydział Pracy i Ubezpieczeń Społecznych, w sprawie o sygn. akt III Pa 19/16, Pz 7/16).
Nie ulega, zatem wątpliwości, że zwolnienie sekretarza przez nowo-wybranego burmistrza tylko, dlatego że wykonywał pracę dla burmistrza, który ustąpił z urzędu będzie stanowiło przejaw dyskryminacji w myśl przepisów kodeksu pracy.