W ten sposób doszło do swoistego zmaterializowania rozbieżności w ocenie traktatów integracyjnych. Takich rozbieżności udawało się unikać przez lata funkcjonowania integracji w Europie. Od pewnego czasu jednak ujawniają się napięcia między sądami konstytucyjnymi państw członkowskich a organami UE, a ostatnie zaś rozstrzygnięcia zdają się przesądzać definitywne, że swoista wstrzemięźliwość orzecznicza najwyższych organów władzy sądowej odchodzi do lamusa. Powstały kryzys to konsekwencja ciągu orzeczeń TSUE dotyczących reform wymiaru sprawiedliwości w Polsce rozszerzających kompetencje UE w tym zakresie, na które powściągliwie (być może nazbyt powściągliwie) reagowała strona polska. Paradoksalnie, można mieć nadzieję (chociaż niezbyt dużą), że powaga sytuacji stworzy pewną szansę na polubowne załatwienie tego sporu. W grę bowiem wchodzi przyszłość realizowanego od lat modelu integracji europejskiej.
W swoim wyroku TSUE, nie kwestionując – podnoszonej przez stronę polską – ogólnej zasady, zgodnie z którą organizacja wymiaru sprawiedliwości w państwach członkowskich należy do kompetencji tych ostatnich, doszedł do ustaleń, które – jak się wydaje – głęboko ingerują w sposób zorganizowania polskiego wymiaru sprawiedliwości.
Po pierwsze, TSUE uznał, że przeniesienie sędziego bez jego zgody do innego sądu lub przeniesienie sędziego bez jego zgody między dwoma wydziałami tego samego sądu (w szczególności, gdy sędzia orzekał w wydziale odwoławczym, a w wyniku przeniesienia miałby orzekać w pierwszej instancji) może naruszać zasady nieusuwalności i niezawisłości sędziów, gdy taki sędzia zmianę taką odebrał „jako nieuzasadnioną degradację”. Ostatecznej oceny tego, czy takie naruszenia występują, mają wprawdzie dokonywać sądy państwa członkowskiego po otrzymaniu wiążącej wykładni przepisów UE (wytycznych TSUE), ale już teraz można zastawiać się, na jak podatny grunt trafi takie stanowisko i jaki to przyniesie skutek dla funkcjonowania wymiaru sprawiedliwości w Polsce.
Po drugie, TSUE przesądził w praktyce o dopuszczalności zastosowania w procedurze powołaniowej sędziów w Polsce instytucji prawa prywatnego, jaką jest zabezpieczenie powództwa. Co więcej przyjął, że jest ono wiążące dla prezydenta, a także to, że on jest zobowiązany do oczekiwania na wyrok TSUE, jeśli sąd, który wydał ww. zabezpieczenie, wystąpił z pytaniami prejudycjalnymi. Są to daleko idące ustalenia o charakterze ustrojowym, podważające hierarchiczność systemu prawnego i uzależniające wykonanie prerogatywy prezydenta od postanowienia sądu. Przyjęcie trafności takiego stanowiska oznacza paraliż wymiaru sprawiedliwości, gdyż prezydent byłby zmuszony do powstrzymania powołań sędziowskich nawet na kilka lat (w sprawie będącej podstawą ww. ustaleń TSUE ponad dwa lata), a biorąc pod uwagę jego pięcioletnią kadencję, pogląd wyrażony przez TSUE prowadziłby nierzadko do sytuacji, w której o powołaniach decydowałby już jego następca. W efekcie o wykonaniu prerogatywy prezydenta decydowałaby sprawność procedowania przez TSUE. Rzecz niewyobrażalna w państwie chcącym cieszyć się choćby pozorami suwerenności. Zgoda na powyższą wykładnię traktatów oznacza naruszenie konstytucyjnej prerogatywy prezydenta, a – uwzględniając systematyczne poszerzanie uzyskiwanych przez TSUE nowych kompetencji w drodze swojego „dynamicznego” orzecznictwa – rodzi niebezpieczeństwo coraz śmielszej ingerencji tego organu w proces nominacyjny sędziów.
Po trzecie, TSUE uznał swoją kompetencję do oceny prawidłowości postępowania nominacyjnego sędziów i bezpodstawnie „wyposażył” sądy państwa członkowskiego w kompetencję oceny, czy sąd (sędziowie wchodzący w jego skład) jest wystarczająco niezawisły i bezstronny. Przy czym krajowy sąd oceniający miałby w tym ujęciu badać, czy proces nominacyjny sędziego „wzbudza w przekonaniu jednostek uzasadnione wątpliwości co do niepodatności sędziego na czynniki zewnętrzne” oraz czy „występuje brak widocznych oznak niezawisłości lub bezstronności sędziego”. Jeśli traktować takie przesłanki poważnie, to należałoby stwierdzić, że sąd oceniający musiałby posiadać gruntowną wiedzę zarówno z zakresu socjologii, jak i psychologii. W przeciwnym razie przesłanki te prowadzą do wykreowania przez TSUE kompetencji opartej na pełnej uznaniowości przy rozstrzyganiu, co grozi anarchizacją systemu wymiaru sprawiedliwości.
Po czwarte, jeśli sąd oceniający (krajowy) na podstawie przesłanek wykreowanych przez TSUE uzna, iż organ (inny sąd krajowy) nie jest „niezawisłym i bezstronnym sądem ustanowionym na mocy ustawy w rozumieniu prawa Unii”, to jego rozstrzygnięcia – zgodnie z ustaleniami TSUE – należy traktować jako niebyłe. W takim przypadku „nie będzie można skutecznie powoływać się (...) na jakiekolwiek względy wywodzone z zasady pewności prawa lub mające związek z (...) powagą rzeczy osądzonej” (teza 160). Tym samym TSUE stworzył sytuację, w której nie tylko może dochodzić do podważania poszczególnych składów orzekających, lecz także poszczególnych wyroków, co bezpośrednio godzi w podstawowe prawa obywateli.
Powyższe ustalenia zostały poczynione przez TSUE jedynie na podstawie art. 19 ust. 1 zdanie drugie Traktatu o Unii Europejskiej (Państwa członkowskie ustanawiają środki niezbędne do zapewnienia skutecznej ochrony prawnej w dziedzinach objętych prawem Unii). Przy czym TSUE konsekwentnie odrzucał (w istocie bez analizy) stanowisko strony polskiej wskazujące, iż procedura powoływania sędziów oraz przesłanki ważności takich powołań należą do wyłącznej kompetencji państw członkowskich, a więc pozostają poza zakresem stosowania prawa Unii i tym samym właściwością trybunału. Twierdząc przy tym buńczucznie, że argumentacja ta „wiąże się w rzeczywistości z samym zakresem, a zatem i wykładnią (...) postanowień prawa pierwotnego, która to wykładnia w sposób oczywisty należy do właściwości Trybunału” i uznając przy tym, że dokonuje wykładni postanowień traktatu, choć ten nie przyznaje kompetencji Unii w zakresie nominacji sędziów krajowych, za to nakłada na organy Unii obowiązek działania jedynie w obrębie kompetencji przyznanych (art. 5 TUE). Polska akcesja dokonała się mocą ratyfikacji traktatu międzynarodowego przekazującego Unii część swoich kompetencji (art. 90 Konstytucji RP). Państwa członkowskie, dokonując oceny konstytucyjności umów międzynarodowych, jakim są traktaty integracyjne, mogą więc samodzielnie dokonywać oceny zakresu kompetencji przekazanych Unii. Tak też stało się we wspomnianym wyroku TK, który stwierdził niekonstytucyjność art. 19 ust. 1 akapit drugi Traktatu o Unii Europejskiej w zakresie jego treści normatywnej ustalonej przez TSUE, tj. gdy na jego podstawie TSUE przyznaje sądom krajowym kompetencje do: a) pomijania w procesie orzekania przepisów konstytucji, b) orzekania na podstawie przepisów nieobowiązujących, uchylonych przez Sejm lub uznanych przez TK za niezgodne z konstytucją, c) kontroli legalności procedury powołania sędziego, w tym badania zgodności z prawem aktu powołania sędziego przez prezydenta, d) kontroli legalności uchwały KRS zawierającej wniosek do prezydenta o powołanie sędziego, e) stwierdzania przez sąd krajowy wadliwości procesu nominacji sędziego i w jego efekcie odmowy uznania za sędziego osoby powołanej na urząd sędziowski zgodnie z art. 179 Konstytucji RP.
Nie wchodząc w szczegółową analizę tego rozstrzygnięcia, wydaje się, że twórczy i dynamiczny rozrost tzw. linii orzeczniczej TSUE w kwestii organizacji wymiaru sprawiedliwości wymagał stanowczej reakcji ze strony organów państwa polskiego. Inaczej mówiąc, żadne państwo nie może sobie pozwolić na tak znaczny zabór własnych kompetencji, w tym również kompetencji prezydenta. Przy czym w takim postawieniu sprawy nie chodzi tylko i nie przede wszystkim o prestiż państwa, ale o możliwość odpowiedzialnego kształtowania przez obywateli w drodze procesu demokratycznego jego ustroju.