Wprawdzie sprawa opłat została uregulowana, ale nie wszystkie zniesiono. W tej akurat sytuacji uczelnia miała prawo zażądać należności za powtarzanie przedmiotu ze względu na niezadowalające wyniki w nauce. Studenci, którzy nie zaliczyli przedmiotu w czasie sesji lub egzaminu poprawkowego, muszą liczyć się z kosztami. Wysokość opłat ustalana jest indywidualnie przez rektora każdej uczelni, zależy od kierunku studiów i specjalizacji.

Prawdą jest jednak, że choć nowelizacja ustawy o szkolnictwie wyższym ukróciła praktyki pobierania opłat przez uczelnie według własnego uznania, to wciąż zdarzają się sytuacje, kiedy żerują one na nieświadomości żaków.

Od stycznia tego roku podejście do egzaminów poprawkowych powinno być bezpłatne. Tymczasem na niektórych uczelniach student, który nie zaliczył w terminie egzaminu, musi kupić kartę upoważniającą go do przystąpienia do poprawki. Darmowe powinny być także egzaminy dyplomowe, ale wprowadza się np. obowiązkowe, płatne uczestnictwo w konsultacjach z promotorem. Każda tego typu opłata jest niezgodna z prawem i z takimi praktykami można walczyć.

Od 1 października 2011 r. MNiSW wprowadziło obowiązek podpisywania umów między uczelniami (zarówno publicznymi, jak i niepublicznymi) a studentami. Prawidłowo sformułowana umowa powinna zawierać nie tylko szczegółowe informacje dotyczące programu studiów, ale określać również zobowiązania finansowe studenta. Daje ona wówczas ochronę, szczególnie wobec niewłaściwie wprowadzanych zobowiązań finansowych. Szkoły wyższe są też kontrolowane i upominane za bezprawne pobieranie pieniędzy za usługi, które powinny być świadczone za darmo. Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego zapewnia też, że wkrótce zostaną wprowadzone dodatkowe sankcje, które będą nakładane na uczelnie obchodzące zakazy i naruszające prawa studenta.

Resort zachęca również studentów do zapoznania się z Kartą Studenta, czyli zbiorem zasad, które chronią interesy studiujących. W przypadku łamania praw studenckich na uczelniach można się też zwrócić do rzecznika praw studenta (rps@psrp.org.pl), funkcjonującego przy Parlamencie Studentów Rzeczypospolitej Polskiej.