Po przeprowadzeniu kontroli NIK zaleca ministrowi zdrowia rozważenie podjęcia daleko idących reform. Zdaniem Izby, konieczna jest gruntowna, rzetelna i niezwłocznie przeprowadzona analiza dostosowania potencjału szpitali do rzeczywistych potrzeb pacjentów. NIK rekomenduje także wypracowanie takiego sposobu kontraktowania świadczeń, w którym najważniejsze kryterium stanowić będą jakość i dostępność świadczeń rzeczywiście oczekiwanych przez pacjentów z danego terenu. Pozwoli to uwolnić zawieranie umów ze szpitalami od lokalnych nacisków.
NIK wnosi także do ministra zdrowia aby, w porozumieniu z prezesem NFZ, podjął działania zmierzające m.in. do zagwarantowania pełnej przejrzystości etapu negocjacji, rzetelnego i skrupulatnego wyceniania kontraktowanych świadczeń oraz usprawnienia systemu kontroli przeprowadzanych przez NFZ u świadczeniodawców, z którymi zawarto umowy.