Problemem, który waży na ocenie całej nowelizacji, są nie tylko przepisy przejściowe, na które prof. Zimmermann słusznie zwraca uwagę. Daleko idące skutki wywołuje także dodany przepis art. 158 par. 3 k.p.a. W świetle tego przepisu nie można w ogóle wszcząć – a więc tym bardziej rozstrzygać – postępowania w sprawie stwierdzenia nieważności decyzji, jeśli od jej doręczenia lub ogłoszenia minęło 30 lat. Tymczasem zgodnie z k.p.a., w przypadku uznania, że wnioskodawca ma rację, organ badający wniosek o stwierdzenie nieważności decyzji administracyjnej może wydać – w zależności od okoliczności – rozstrzygnięcie dwojakiego rodzaju.
Po pierwsze, może orzec o nieważności decyzji, co eliminuje ją z obrotu prawnego. I tylko tej kategorii orzeczeń dotyczył wyrok TK w sprawie P 46/13. Po drugie natomiast, jeśli np. na skutek upływu czasu lub nieodwracalności skutków nie można stwierdzić nieważności decyzji, organ może orzec o jej wydaniu z naruszeniem prawa. Takie orzeczenie ma to do siebie, że nie eliminuje zaskarżanej decyzji z obrotu prawnego, a co za tym idzie – nie niweczy jej skutków prawnych, ale umożliwia stronie późniejsze dochodzenie odszkodowania na drodze sądowej.