Dokumentację kontroli stanowią przede wszystkim:

●pisemny wniosek komendanta głównego Żandarmerii Wojskowej lub komendanta oddziału ŻW o zarządzenie lub przedłużenie kontroli,

●zarządzenie komendanta głównego lub komendanta oddziału w przypadkach niecierpiących zwłoki,

●postanowienie wojskowego sądu okręgowego o zarządzeniu lub o przedłużeniu kontroli,

●postanowienie wojskowego sądu okręgowego w sprawie prowadzenia kontroli zarządzonej przez komendanta głównego lub komendanta oddziału w przypadkach niecierpiących zwłoki,

●pisemna zgoda prokuratora generalnego na złożenie przez komendanta głównego ŻW wniosku o zarządzenie lub przedłużenie kontroli,

●pisemna zgoda prokuratora generalnego na zarządzenie przez komendanta głównego kontroli w przypadkach niecierpiących zwłoki,

●pisemna zgoda właściwego miejscowo wojskowego prokuratora okręgowego na złożenie przez komendanta oddziału ŻW wniosku o zarządzenie lub przedłużenie kontroli,

●pisemna zgoda właściwego miejscowo wojskowego prokuratora okręgowego na zarządzenie przez komendanta oddziału kontroli w przypadkach niecierpiących zwłoki,

●zgoda komendanta głównego na złożenie przez komendanta oddziału wniosku o zarządzenie kontroli,

●informacje o przebiegu kontroli operacyjnej, o wynikach kontroli operacyjnej, o wynikach przeprowadzonych czynności w toku kontroli operacyjnej,

●kopie, odpisy, wypisy, wyciągi lub zbiory informacji uzyskanych w wyniku czynności kontrolnych,

●nośniki, na których zostały utrwalone zapisy informacji w postaci cyfrowej, taśmy elektromagnetycznej, filmy, negatywy lub fotografie, na których zarejestrowane zostały informacje uzyskane w wyniku czynności kontrolnych.

Niszczenie materiałów zgromadzonych w związku z kontrolą niepozwalających na wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo lub przestępstwo skarbowe, albo niemających znaczenia dla postępowania kontrolnego przeprowadza się przez fizyczne zniszczenie, usunięcie zapisów utrwalonych na nośnikach w sposób uniemożliwiający odtworzenie ich treści, w szczególności danych osobowych. A kiedy takie usunięcie zapisów nie jest możliwe, uszkadza się nośniki w sposób uniemożliwiający odczytanie zapisów albo dokonuje się ich fizycznego zniszczenia.