Kolej ma problemy z wydawaniem pieniędzy z bieżącego budżetu UE. Najwięcej problemów PKP Polskim Liniom Kolejowym, przysparza wykonywanie oceny oddziaływania na środowisko inwestycji w modernizację torów, tak by pociągi mogły jeździć po nich 160 kilometrów na godzinę. Dlatego też, wspólnie z rządem, przekonały Brukselę do zmiany części projektów na rewitalizację, co oznacza, że po wyremontowanych torach pociągi będą mogły kursować z prędkością 120 kilometrów na godzinę. Kolej liczy, że w przypadku drugiego typu wniosków biurokracja będzie mniej uciążliwa.
Wiceminister rozwoju regionalnego Adam Zdziebło, podkreśla, że jeśli kolej chce wykorzystać unijne fundusze w obecnej i przyszłej perspektywie, musi nauczyć się opracowywania dokumentacji zgodnie z unijnymi wymogami.