W związku ze strategicznym znaczeniem trasy w rejonie Dworca Gdańskiego wszelkie inwestycje związane z samą trasą oraz jej najbliższym sąsiedztwem muszą być konsultowane z MON. Bezpośrednio zajmuje się tym Szefostwo Transportu i Ruchu Wojsk. To właśnie ta instytucja powinna zaopiniować - przynajmniej w części - zmiany w planie zagospodarowania przestrzennego w przypadku inwestycji planowanej przez PKP.
Zwycięska koncepcja przebudowy Dworca Gdańskiego przygotowana przez firmę Ghelamco, zakłada zabudowę torów i stworzenie nad nimi kompleksu biurowego.