Autorzy opracowania podkreślają, że kolej jest wyizolowana z systemu transportowego.
Kolej sobie, komunikacja sobie
Wyjątkiem jest Warszawa, gdzie kolej została wkomponowana w sieć dojazdową. W przeważającej części kraju przystanki i stacje są z reguły źle skomunikowane. Trudno do nich dojechać innym środkiem transportu. Rozkłady jazdy na kolei nie współgrają też z rozkładami autobusowymi.
Jedna trasa - trzy bilety
Ważnym elementem, który często decyduje o tym, że pasażer wybiera inny niż kolej środek transportu, jest brak wspólnej polityki biletowej przewoźników. Doskonałym przykładem jest trasa z Bydgoszczy do Szczecina przez Piłę i Krzyż. Pasażer, który chce pokonać tę trasę, musi korzystać z usług trzech różnych przewoźników. Oznacza to, że jest zmuszony do kupna trzech różnych biletów. Bardzo często musi to zrobić w trzech oddzielnych źródłach sprzedaży. Zdaniem autorów raportu taka sytuacja jest niezrozumiała i nie do zaakceptowania na obecnym poziomie rozwoju cywilizacji.
Tory za drogie dla kolei
Z raportu wynika, że dużym problemem dla rozwoju kolei są zbyt wysokie stawki za dostęp do torów. Chodzi o opłaty, które zarządca infrastruktury pobiera od przewoźników. Może to doprowadzić do tego, że niektórzy przewoźnicy ograniczą częstotliwość kursowania pociągów, bądź składy przestaną się zatrzymywać na niektórych stacjach i przystankach.
Autorzy raportu wskazują na niewielką poprawę jakości sieci kolejowej. Dodają też, że duża zmiana w tym zakresie nastąpi po zakończeniu modernizacji kilku ważnych linii. Chodzi między innymi o trasę z Warszawy do Trójmiasta.