Do zadań pełnomocnika ma należeć "inicjowanie działań zmierzających do wdrożenia i optymalizacji procesu zarządzania portfelem programów i projektów informatycznych w systemie ochrony zdrowia" oraz "inicjowanie działań mających na celu budowę spójnej i jednolitej architektury informatycznej w systemie ochrony zdrowia". Wśród zadań jest także reprezentowanie szefa MZ w pracach zespołów i rad powołanych przez inne organy w sprawach związanych z informatyzacją sektora ochrony zdrowia.
Pełnomocnik ma wykonywać zadania we współpracy z jednostkami zaangażowanymi w informatyzację sektora ochrony zdrowia, m.in. Centrum Systemów Informacyjnych Ochrony Zdrowia i Narodowym Funduszem Zdrowia.